Budi Susilo lulus dari SMA 1 Magelang pada tahun 1972 dan memperoleh gelar insinyur dari Universitas Indonesia tahun 1979. Tahun 1981-1982 mengikuti pendidikan di Ecole Nationale des Travaux Publics de l'Etat (ENTPE) di Paris dengan gelar CES, 1982-1986 mengenyam pendidikan di École Centrale Paris Perancis untuk memperoleh gelar Master (DEA) dan meraih Doktor (Dr) dengan predikat Tres Honorable. Pendidikan lain yang diikuti adalah Kursus Reguler Angkatan-37 tahun 2004 di Lembaga Ketahanan Nasional RI dan lulus dengan predikat Andalan. Tahun 2006 mengikuti kursus singkat di Institute des Hautes Etudes de Defence Nationale, Paris-Perancis untuk mendalami ilmu Geostrategi. Tahun 2009 mengikuti kursus singkat Geostrategi dan Geopolitik di Marshall Centre kota Garmisch-Partenkirchen, Jerman. Tahun 2010 mengikuti kursus gabungan Stanford University dan Asia-Pacific Centre for Security Studies (APCSS) di Amerika Serikat mengenai Geopolitik Dunia.